ClassPharmer™ 4.7 リリースノート

ClassPharmer™ 4.7 - New Features

    

  1. 既知薬のフラグメントデータベースに基づく分子設計機能

    2. • この機能は二つの方法で使うことができます。（1）R基を保持してリード化合物の骨格を複数のフラグメントで置換する。（2）骨格を保持してリード化合物のR基を複数のフラグメントで置換する。この機能はReactions/Assemble Fragmentsで利用できます。


  2. ペアSAR結果の構造変換ルール化

    3. • この機能はリード化合物のアナログを発生させるCombinatorial Transformations機能で利用できます。活性が増加するなどの物性改善がみられるペアを使ってそれと同じような改善が期待される新しい分子を設計することができます。

  3. SARビューによる検索機能

    4. • 選択した一つのペアSARと同様の構造変化を持つ別のペアSARを検索することが可能になりました。この機能を使って構造変化と物性変化の関係が特定の分子ペアに特有なものなのか、あるいは複数のペアにも見られるものなのかを判断することができます。また、ユーザが指定した構造変化の検索も可能になりました。例えば、環構造が追加された構造変化のある分子ペアを検索するといったことができます。

  4. 構造的にばらつきを持ったクラスの選択

    5. • 構造的にばらつきを持ったクラスを選択する機能が追加されました。

  5. 複数のエクセルシートへのエクスポート

    6. • 例えば、複数のクラスやRテーブルを一つのエクセルファイルにエクスポートすることができ、それぞれのクラスあるいはテーブルが一つのシートにエクスポートされます。

  6. Query wizard

    7. • 複雑な構造や物性のクエリ作成を援助するquery wizard機能が追加されました。

  7. クラスの骨格を指定する投げ縄機能

    8. • Classビューのドックウィンドウでクラスの骨格をマウスの投げ縄機能を使って指定することができるようになりました。この機能はコンビナトリアル構造変換やバージョン4.7の新機能である骨格置換などの分子設計機能を使う場合に特に便利です。

  8. 類似骨格を持つクラスの検索

    9. • 類似性検索機能に選択したクラスと類似した骨格を持つクラスを検索する機能が追加されました。以前の機能は分子全体の類似性を検索するものでした。

  9. 重複検索

    10. • ClassビューとMoleculeビューに重複検索機能が追加されました。重複は分子構造あるいは分子属性（例えば、名前）で指定します。

  10. フィンガープリントによるクラス生成

    11. • 従来のフィンガープリントクラスタリングによるクラス生成法が追加されました。フィンガープリントはClassPharmerあるいはテキストファイルで生成することができます。

  11. 分子属性の生成

    12. • 二つ以上の値を数学的に操作して別の分子属性を作ることができるようになりました。例えば、新たな選択性の値を二つの活性値の比率として作成することができます。

  12. 選択した分子からのクラス生成

    13. • Moleculeビューで選択した分子からクラスを生成することができるようになりました。

  13. 任意の属性指定

    14. • 選択したクラスに対して任意の数値あるいは文字列の属性を指定することができるようになりました。これらの属性はグリッドに表示され、検索の対象とすることやファイルに出力することができます。

  14. クラスの冗長性評価

    15. • 分子の構成（分子構造ではありません）からクラスの類似性を計算する冗長性評価機能が追加されました。

  15. その他

    16. • 類似したクラスを自動的に統合する機能が追加されました。

    • SMILESが分属性としてグリッドに追加することができるようになりました。

    • キーを構造として例えばSDファイルにエクスポートするオプションがつきました。

    • 新たな計算結果が出た時に自動的にカラムが追加されるようになりました。

    • 右クリックでカラムを移動するオプションがつきました。

    • 分子属性をクリップボードにコピーすることができるようになりました。



 

ClassPharmer™ 4.6 リリースノート

ClassPharmer™ 4.6 - New Features

  1. SARネットワーク機能の追加

    2. SARネットワーク機能により今までにない化学的にわかりやすいグラフィカルインターフェースを使って構造活性相関（SAR）を可視化して検討することができるようになりました。ClassPharmer4.5で導入されたPair SAR（activity cliff）機能の延長であるSARネットワークは構造的に関係している分子のクラスター（”ネットワーク”）を閲覧したりあるいは複雑なパターンを抽出したりするのに適した方法で表示します。

  2. Miner3D™との連携

    3. 強力なデータ表示・解析ツールであるMiner3Dとの連携がとられ、ClassPharmerから起動して分子データの3D表示を作成できるようになりました。

  3. Pair SAR生成の高速化

    4. Pair SAR生成処理がおよそ20倍スピードアップされました。また、近似を使った新しいオプションにより分子ペアの正しい共通骨格を見つける成功率を90%以上保ったままさらに数倍スピードアップします。

  4. R基ファミリー機能の追加

    5. この機能は選択した位置以外のすべての位置にあるR基が同一である分子をファミリーにまとめます。特定の位置での変化がどのように分子のプロパティに影響しているかを理解するのに便利です。

  5. “スタープロット”の追加

    6. Classビュー、Moleculeビュー、R-Tableビュー、SARビューに”スタープロット”が追加されました。 スタープロットは複数のプロパティの値を可変長のカラーのくさび型で表示するグラフで、複数の分子の複数のプロパティを同時に表示して比較することができます。

  6. 最大共通部分構造生成の高速化

  7. Excel2007の完全サポート

  8. Pair SARのバッチモード対応

  9. 分子の自動アライメント

    10. Moleculeビューを表示すると分子が自動的にアライメントされるようになりました。

  10. グリッドカラムの整合性を保持

    11. Classビュー、Moleculeビュー、R-Tableビュー、SARビューの間でのグリッドカラムの整合性を自動的に保持できるようになりました。

  11. 定義Class

    12. 前もって定義したScaffoldのリストによるクラス生成においてScaffold名を入力ファイルに記述できるようになりました。

    入力ファイルにあるScaffold名がClass Commentに表示されます。

  12. 部分構造検索時の強調表示色の変更

    13. Scaffoldあるいは部分構造検索結果の強調表示色が変更できるようになりました。

 

ClassPharmer™ 4.5 リリースノート

ClassPharmer™ 4.5 - New Features

  1. Pair SAR機能の追加

    2. “Activity cliffs”と呼ばれる類似構造を持ちながら活性値が大きく異なる分子のペアを同定する機能が追加されました。類似度はフィンガープリントではなく最大共通部分構造（MCS）に基づいて計算されます。分子は共通のScaffoldで揃えられ、化学的な違いがすべてハイライトされますので解析が容易になります。

  2. ADMET Predictor™との連携

    3. 選択したクラスの分子に対して様々なADMET物性を計算することができるようになりました。この機能はライセンスが別に必要になりますのでご注意ください。

  3. 構造アナログ発生機能の大幅な拡張

    4. 新たに約120の反応が追加されました。これらの反応はメディシナルケミストと共同で作成されました。構造的に関連のある活性分子に共通に見られるもので化学的に異なるものを分子設計が理想的になるように収集したものです。アナログ発生時にフィルタールールを使用したり、入力したリード構造の一部分をアナログ発生時に変更しないという制限をかけたりすることができるオプションがあります。新しいコマンドライン及びPipeline Pilotコンポーネントの追加

    リード構造の構造アナログを発生させるコマンドライン及びPipeline Pilotコンポーネントが追加されました。

  4. Microsoft Excelとの連携.

    5. クラス、分子、Rテーブル、pair SAR(activity cliffs)を構造とともにExcelファイル（*.xls）にエクスポートすることができるようになりました。ただし、現在のところExcel2007には対応していませんのでご注意ください。

  5. Scaffoldのエクスポート

    6. 以前はフラグメントを（例えば、Daylight SMARTSフォーマットで）エクスポートすることができただけでしたが、Scaffoldを完全な分子構造としてSDファイルなどにエクスポートすることができるようになりました。

  6. 構造のクリップボードへのコピー

    7. 化学構造を画像としてクリップボードへコピーして他のソフトウェアに簡単にペーストすることができるようになりました。

  7. Remove Fragmentsオプション

    8. “Remove Fragments”オプションを（塩やカウンターイオンを除去するために）オンにすると、除去したフラグメントのSMILES表記がCP_Fragmentsという属性として追加されるようになりました。

  8. SDファイルの読み込み

    9. バージョン3000のSDファイルが読み込めるようになりました。

    SDファイルの複数行の分子属性が読み込めるようになりました。

  9. Add Attributesオプション

    10. “Add Attributes”オプションが選択した分子（すべてではなく）に分子属性を追加することができるようになり、また、いくつかの新しい属性の種類が追加されました（ADMET calculationsなど）。

  10. SMILES入力の操作性改善

    11. SMILESの入力に関する操作性が大きく改善されました。

  11. ClassPharmer 4.5ではその他にも以下のような大きな変更がありましたのでご注意ください。

    12. クラス生成手法のClassPharmer Defaultが廃止されました。この手法はBioreason社のClassPharmer 3.5の結果を再現するための手法としてClassPharmer 4.0で導入されましたが、わずかなデータ量でも多くのメモリが消費される手法でした。ClassPharmer Defaultの結果を再現したいという場合はTopogenic Fragmentという手法で、次の二つのパラメータ設定を変更してお使いください。

    (a)”maximum fragment size”を16から20に変更する

    (b) “Force Closed Rings”オプションをオフにする。

    キー及びクラス生成手法のBranched Fragmentsが削除されました。これらは他の手法に比べてあまり使われておらず、維持していくのが難しいと判断されました。

    クラスやキー生成の操作が簡素化され必要とするステップ数が減りました。結果として、これらの操作においてパラメータを修正するには次の手順のみでよくなりました。

    (a) クラス生成の場合、”Generate classes”ダイアログにある”Key Parameters”ボタンあるいは”Class Parameters”ボタンをクリックする

    (b)キー生成の場合、”Generate keys”ダイアログにある”Key Parameters”ボタンをクリックする。

    これらのボタンをクリックすると以前（パラメータを変更する必要がない場合にも）自動的に表示されていたものと同じダイアログが表示されます。

 

ClassPharmer™ 4.4 リリースノート

ClassPharmer™ 4.4 - New Features

  1. 以下の機能を基盤とする新規反応モジュール:

    2. コンビナトリアル反応を用いてバーチャルライブラリを生成する
    指定したコンビナトリアル反応のバーチャル生成物を生成することができるようになりました。例えば、カルボン酸の数mとアミンの数nを入力すると代表的なアミド縮合反応からmxn個のアミドを生成します。反応はDaylightのSMIRKSフォーマットかMDLのrxnfileフォーマットを使って指定することもできますし、ISIS/Drawから直接ペーストすることもできます。反応物質のリストはClassビューに表示されているクラスあるいはSD、SMILES、CTKファイルから取り込みます。

    構造展開を導くのに役立つリード化合物の構造的代替物を生成する
    一つの化学構造から構造的な代替物を生成する機能が加わりました。新しい構造は指定したファイルに含まれる複数の変換手順の組み合わせから作られます。例えば、官能基のバイオアイソステリックな置換などです。このように、リード化合物をより適切なscaffoldのものあるいは物性の改善されたものに展開する新たなアイデアを示唆するアナログ構造のリストを生成することができます。

    RECAPとその他の断片化手法を応用してde-novoデザインのビルディングブロックを取得する
    分子を小さな断片に分解する反応を実行することができるようになりました。このアプリケーションの例は“retrosynthetic combinatorial analysis procedure”(RECAP)として知られる技術を使った最近の研究で述べられています。

  2. クラスや分子の優先順位付け.

    3. Priority Class機能を使って、多数のクラスの中から指定した基準を満たすサブセットを選択することができるようになりました。基準には構成分子の物性の統計値（例えば、クラスの平均活性値）を用いることも統計値ではない値（例えば、クラスの数）を用いることもできます。この優先順位付け機能を使って最も興味のある特性の範囲にあるものだけを指定することにより、多数のクラスで表現されている化学的モチーフの絞込みを行います。

    また、Priority Molecule機能を使って、選択した（あるいは上記Priority Class機能で生成した）クラスの分子の中からそのサブセットを選択することもできます。ClassPharmerで生成した、あるいはインポートした分子の物性を基準に優先順位付けを行い、分子を選択します。

    これらの機能の代表的な使い方は二次スクリーニング用の分子を選定することです。まず、分子をクラス分けし、それらのクラスについて特徴づけを行います。そして、クラスの特性を基準に優先順位をつけてクラスのサブセットを選択し、最後にこれらの中から分子の物性を基準に分子を選定していきます。

    これらの新しい機能は、ClassPharmer™ 3.5で、Priority Class ListとClass Compounds Listと呼ばれていたものと同等です。

  3. クラスをファミリーに整理

    4. 整理することができるようになりました。この機能は事実上クラスターのクラスタリングを可能にし、特にクラスの数が大きすぎて簡単に解析できないようなときに有効です。類似したscaffoldを持つクラスが同じファミリーに配置され、Classビューの中で隣同士に並びます。

  4. 分子の標準化.

    5. このオプションを使って外部ファイルにある分子の化学構造を標準的表現に変換することができるようになりました。以下の４つの標準化ルールがサポートされています。これらはすべて他のルールとは独立して適用されます。

    • 分子から小さいフラグメントを除去して、原子数が最大のフラグメントだけにします。このオプションは通常分子からカウンターイオンや塩を取り除くために使用します。
    • 官能基の構造表現をClassPharmerの標準的な表現に変換します。具体的には以下のルールが適応されます。

      GroupStandardization rule
      Nitro
      N-oxide
      Azido 1
      Azido 2

    • 酸性基やアルカリ性基を中性基に変換します。たとえば、[O-]が[OH]に、[NH+]が[N]に変換されます。
    • 指定したファイルに定義されているルールを適用します。ルールはDaylightのSMIRKあるいはMDLのrxnfileフォーマットで記述されている必要があります。カスタマイズされたルールは上記の標準ルールのあとに適用されます。

  5. クラスや分子のランダム選択

    6. 指定した数のクラスや分子をClassビューあるいはMoleculeビューからランダムに選択することができるようになりました。

  6. コマンドラインによるキー生成.

    7. SD、SMILES、CTKファイルの分子についてキー（ディスクリプター）を生成するコマンドラインが追加されました。

  7. Daylight SMARTS / SMILESの修正.
    • バグのあったSMARTSのクエリ”[H]”と”[#1]”が正しく取り扱えるようになりました。
    • 間違った判断がされてしまっていたSMILES入力が正しく取り扱えるようになりました。例えば、水素のないピロール(n1cccc1)や芳香族の電荷のないN-オキシド(c1ccccn1=O)など。

 

ClassPharmer™ 4.3 リリースノート

ClassPharmer™ 4.3 - New Features

  1. コンビナトリアル化合物の生成機能

    2. ClassPharmerで生成したRテーブルをもとにR基のすべての組み合わせ持った化合物を仮想的に作成する機能が追加されました。この機能はRテーブルを生成したクラスを選択した上で、RTablesメニューにあるExplode Productsを選んで利用します。ADMET Predictorのような物性予測のソフトウェアと組み合わせることで仮想的にライブラリー発生からスクリーニング、最適化まで行うことができます。

  2. コマンドラインの新しい機能

    3. 生成済みのクラスに分子を振り分けるコマンドライン機能と関連するPipeline Pilotのコンポーネントが追加されました。大量データの一部を使ってクラスを生成してから残りのデータを振り分けるので、全データを使ってクラスを生成する場合よりもメモリ使用量も少なく高速に処理できます。

    また、CTKファイルにある一部のクラスを選択するコマンドライン機能も追加されました。非常にサイズの大きなCTKファイルから利用しやすい小さなCTKファイルを作ることができます。

  3. ChemDrawから直接ペースト

    4. ChambridgeSoft社のChemDrawから直接ペーストすることができるようになりました。これは部分構造検索、フィルタリング、分子のインポート、クエリの定義などで利用できます。

  4. 活性の高い分子を代表分子に指定するオプションの追加

    5. Classビューの代表分子のカラムに表示させる分子を最も活性の高い分子にするか最も分子量の小さい分子にするかを選択するオプションが追加されました。このオプションはEditメニューのChange SettingsにあるDisplayタブで指定します。

  5. 活性とその数値の大小関係を指定するオプションの追加

    6. 活性値を"ascending"と"descending"のどちらの性質を持った値として考慮するかを指定するオプションが追加されました。"ascending"は阻害率のように値が大きいほど分子の生理活性が高くなることを意味します。逆に、"descending"はIC50のように値が大きいほど分子の生理活性が低くなることを意味します。このオプションはEditメニューのChange SettingsにあるFormatタブで指定します。

  6. 画面イメージを画像ファイルにエクスポート

    7. ClassビューやMoleculeビューのDistributionウィンドウ、ModelビューのSARグリッド、RTableビューのR table scaffoldウィンドウの画面イメージをファイルにエクスポートする機能が追加されました。画像ファイルの対応フォーマットはJPGとBMPです。

  7. SARグリッドの内容をCSVファイルにエクスポート

    8. ModelビューのSARグリッドの内容をタブ区切りあるいはカンマ区切りのテキストファイルにエクスポートする機能が追加されました。

  8. その他

    9. その他にもバグの修正や速度の向上が図られています。

 

ClassPharmer™ 4.2 リリースノート

ClassPharmer™ 4.2 - New Features

  1. Pipeline Pilot integration.

    2. ClassPharmerのクラス生成処理をPipeline Pilotのワークフローに組み込むための部品が二つ利用できるようになりました。

  2. New ring system classes.

    3. クラス生成手法のRing Systemが改善されscaffoldが環構造と置換基で構成されるようになりました。置換基の部分をカスタマイズすることでより化学的に意味のある構造のクラスにすることができます。

  3. Fuzzy atoms and bonds.

    4. "Fuzzy atom"及び"Fuzzy bond"に対応できるようになりました。定義した異なる（似ている）原子や結合を同一のものとして取り扱います。これに対応している処理はクラス生成、キー（ディスクリプター）生成、最大共通部分構造（MCS）生成などになります。

  4. Closed rings.

    5. クラス生成手法のClassPharmer Defaultに環が閉じているscaffoldだけでクラスを生成するオプションが付きました。

  5. User comments.

    6. クラスや分子にコメントを追加することができるようになりました。コメントはグリッド上に表示することができますし、またファイルに保存したり、検索することもできます。

  6. Visualization of redundancy.

    7. Molecule ビューで各分子についてその分子が含まれるクラスの数及び含まれているクラスのリストが表示できるようになりました。これはクラス生成における "redundancy"、つまり、どの分子が複数のクラスに属しているかやあるクラスが別のクラスとどのように重複しているか、を評価するのに便利です。

  7. Classification using selected.

    8. 選択した分子だけでクラスを生成することができるようになりました。例えば、クラス分けされなかった"singleton"を別の方法でクラス分けするということができます。

  8. User Log File.

    9. ユーザログファイルに起動モード（Full, Viewer）の情報が記録されるようになりました。また、起動時に表示されるUser initializationダイアログを表示させないオプションも加わりました（Edit→Change SettingsのModeタブにそのオプションがあります）。

  9. General improvements.

    10. その他にも速度の向上や数々の改善が取り入れられています。

 

ClassPharmer™ 4.1 リリースノート

ClassPharmer™ 4.1 - New Features

  1. Command-line operation.

    2. GUIを使わずに、コマンドライン（DOS）からClassPharmerを実行してクラスを生成することができるようになりました。CD-ROMには cp_generate_classes.txtというコマンドファイルがあり、クラス生成の実行例が書かれています。ファイルを実行するには、以下のように入力します。 [PATH_EXE]\ClassPharmer.exe [PATH_CMD]\cp_generate_classes.txt ここでPATH_EXEは実行ファイルに対するフルパスでPATH_CMDはコマンドファイルに対するフルパスです。コマンドファイルにはクラスを生成するのに必要なすべてのパラメータの説明とその変更方法についての説明が書かれています。

  2. Aggregations.

    3. Classビューにプロパティの平均値だけでなく最小値、最大値などそれ以外の関数値も表示できるようになりました。関数を変更するにはClassビューの中でカラムヘッダを右クリックしてSet Functionを選択し、リストの中から目的の関数を選択します。関数の選択はClassビューの左側にある分布図に対しても利用可能です。

  3. Tracking imported molecules.

    4. File/Import/Moleculesメニューを使って分子をインポートした時に、インポートしたすべての分子に値が1である CP_Importedという名前の属性を割り当てるようにしました。この属性を使うとどの分子がインポートされたものでどの分子がもともとあったものかを追跡できます。例えば、分子をインポートして既存のクラスに分子をフィルタリングした場合、CP_Imported属性を使ってそのクラスに含まれるインポートされた分子の数を調べることができます。まず、Classビューのカラムの一つにCP_Imported属性を割り当てます（ヘッダを右クリックしてSet Contentsを選択）。その後、右クリックしてSet Functionを選択しカラムの関数をNumber With Valueに変更します。この関数はその属性について何らかの値を持つ分子の数です。インポートした分子だけがCP_Imported属性の値をもつので、このカラムにはインポートした分子の数が表示されます。

  4. Classes using file instructions.

    5. “Create using file with instructions”と呼ばれる新しいクラス生成方法がGenerate Classesダイアログボックスに追加されました。このオプションは ClassPharmer3.5のImport Classオプションに相当するもので、クラスの構成を単純なタブ区切りのファイルに指定することができます。このテキストファイルを読み込んでそれに従ってクラスを生成します。

  5. Online help.

    6. ClassPharmerのすべてのドキュメンテーションがHelp/ClassPharmer Help メニューから利用できるようになりました。

  6. User log file.

    7. ClassPharmer起動時にお名前を入力して頂くと、開始および終了時間とともにログファイルに書き込まれるようになりました。これはどなたが現在使用中であるかを知りたいという場合に便利です。ログファイルはHelp/View User Log Fileメニューを使って表示することができます。

  7. Improved export.

    8. クラスや分子をSD、Smiles、タブ区切り（*.txt）、カンマ区切り（*.csv）フォーマットでエクスポートするときに使用するダイアログボックスが新しくなりました。このダイアログボックスではエクスポートするフィールドの選択の柔軟性が向上しました。

  8. Smarts scaffolds.

    9. ScaffoldをDaylightのSmartsフォーマットでエクスポートできるようになりました（Encodedフォーマットと読んでいる今までのフォーマットも使用できます）。 Smartsフォーマットオプションはクラスや分子のエクスポートやEdit/Copy/Selected Scaffolds As Smartsメニューで表示されるダイアログボックスで利用できます。

  9. Add attributes.

    10. Molecules/Add Attributesメニューを使って分子の属性を手動で追加することができるようになりました。属性の追加には二つのオプションがあります。一つ目はすべての分子に対する検索に使う検索条件を登録するというものです。新たに追加される属性の値はその検索結果を使って定義されます。例えば、部分構造を使った検索条件の場合は分子内でのその部分構造の出現数が属性の値になります。二つ目は三つの変換関数（－, log, －log）の一つを使って既存の属性を変換するというものです。これらのオプションでは新しい属性に名前をつける必要があります。

  10. New named-property queries.

    11. プロパティによる検索条件がいくつか新たに加わりました（今までのプロパティ検索条件としてはMolWeight, HAcc, HDonなどです）。 AtomCountは分子内の水素原子以外の原子数です。BondCountは水素原子以外に結合する結合の数です。CompCountは分子の中の結合した要素（結合していないフラグメント）の数です。RCFCountは分子の中の“環で結合したフラグメント(ring-connected fragments)”の数です。RCFはRCFCountと同じ値ですが、関連する部分構造が強調表示もされます。

  11. Scaffold queries.

    12. クラスのScaffoldに対してのみの部分構造検索を実行できるようになりました。これは、特にクラスの数が多い場合に、似た共通構造を持つクラスを見つけたり、それらをグルーピングしたりするのに便利です。この検索を実行するには、Classビューを表示してからQueryメニューにある Scaffold Queryを選択します。

  12. ISIS/Draw clipboard.

    13. 分子をISIS/Drawフォーマットでクリップボードにコピーし、 ISIS/Drawに直接ペーストすることができるようになりました。この操作は Edit/Copy/Selected Molecule As ISIS/Drawメニューで行います。

  13. Import uses homogeneity.

    14. File/Import/Moleculesの操作を行うとき、分子の原子数がそのクラスの最大原子数を持つ分子の原子数以下でない限りクラスにフィルタリングしないようにすることができるようになりました。このオプションによりクラスの自動生成で使われるHomogeneityによる制約と同じように、インポートの操作でもHomogeneityによる制約を適用することができます。

  14. Key generation bug fix.

    15. ClassPharmer 4.0にはクエリとしてSDファイルを使ってキーやクラスを生成できないというバグがありましたが、このバージョンではこのバグは修正されています。

  15. Colors in registry.

    16. Scaffoldや検索結果の色選択がレジストリに格納されるようになりましたので、起動時にはいつもそれを記憶しています。

  16. Automatic conversion to viewer.

    17. ネットワークインストレーションの場合、約1時間使用していない状態が続くと、自動的に“Viewer Mode”に切り替わるようになりました。 Viewer Modeでは多くの機能が使用できなくなり、また、実行にネットワークライセンスを必要としません。したがって、この自動切換えにより ClassPharmerの実行を待っている他のユーザがライセンスを利用できるようになります。また、Edit/Change SettingsメニューのModeタブを使ってViewer ModeからFull-Version Modeに切り替えることも可能です。この切り替えはネットワークライセンスの場合のみ有効です。

 

ClassPharmer™ 4.0 リリースノート

ClassPharmer™ 4.0 - New Features

  1. 追加機能

    2. *SMILESファイルの入出力

    *幾何異性情報の入出力、描画、検索

    *描画機能の改善（水素付加、ケクレ構造）

    *SMARTS言語による検索機能

    *Scaffoldのクリップボードへのコピー機能(SMARTS）

  2. 改善機能

    3. *SDファイルの直接読込

    *2D再描画機能

    *クラス生成方式の追加

    *任意の分子群からのMCS生成

    *MCSやクエリを使ったScaffoldの定義・修正

  3. 拡張機能 複雑な環構造（フラーレンのような）の取扱が可能となりました。

    4. * 通常の原子価と異なる原子を持つ構造の取扱が可能となりました。

  4. バグフィックス （下記参照）

    5. 時折、間違ったMCSが生成されるというバグがフィックスされました。

    * 描き方の違いで同一分子が異なるクラスに分類されてしまうバグがフィックスされました。

  5. 処理速度の大幅な改善

    6. *クラス生成 (100,000分子の処理） 約10倍 (24h以上→3h以下）

    *部分構造検索(100,000分子の検索）約5,000倍 (20h→20sec)

    *分子のエクスポート(100,000分子のSDへの出力）約20倍（20min→1min以下）

    注：Pentium4 3.0GHz、RAM 2.0GBのマシンでの比較 (SimulationsPlus社の発表による)

  6. ライセンス形式

    7. 4.0からは、Network Modeのライセンス形式となり、同時使用数の範囲内であればネットワーク上のいろいろなクライアントマシンでご利用できるようになりました。（別棟間でのご利用など詳細についてはライセンス契約に準じます）

    バグフィックス:
    1. 稀に間違ったMCSが生成されるというバグの修正

    ときおり不正確なMCS(maximum common substructure)が生成されるというバグが修正されました。下の例では、旧バージョンでは、二つのサンプル分子のが完全に生成されていませんでした。4.0ではより正確に生成されます。


    2. 描き方の違いで同一分子が異なるクラスに分類されてしまうバグの修正。

    描き方の違いだけで同一分子が異なるクラスに分けられてしまうバグが修正されました。下の例では、旧バージョンでは左にある同一な３分子が異なるクラスに分類されてしまいました。4.0では一つのクラスに属するものとして正しく扱われます。