分子の可視化とMVDの結果表示のためのフリーソフト
Molegro Molecular Viewer
MVD Release Notes
最新バージョンは、2.2.0 (2011/2/17 リリース)です。
Molegro Molecular Viewer は、こちらのMolegro社のサイトよりダウンロードが可能です。
Molegro Molecular Viewer 2.2.0 リリースノート
Molegro Molecular Viewer 2.2.0 - February 16th, 2011
- KNIME ワークフローがサポートされました。
- 既存のワークスペースにMVDMLワークスペースを付け足すこと(Append)が可能になりました。
- 分子のインポートで、分子ファイル(Mol2ファイルなど)が既に含んでいる水素の部分チャージを、それらと結合している重原子に移すようになりました。
MMVにおける水素結合は、スコアリング関数の特別な項によって取り扱われており、水素のチャージは考慮されていません。水素にアサインされているチャージを重原子に移すことで、チャージが失われないことを確保します。
注) MMVで提供される内部チャージスキームでは、水素原子にチャージが割り当てられません。そのため、このチャージは、サードパーティのソフトウエアなどによって前処理された分子にのみ関連するものです。 - 芳香環にある窒素原子のプレパレーションが改良されました:explicit な水素を持たない分子に対して、MMVはこれまで芳香環の窒素原子をたまに誤ってプロトネートすることがありました。
- ワークスペースGUIとPose Organiser のそれぞれある "Hide Distant Residues thresholds" の違いをなくしました(Pose Organiser でのこの機能は、これまで、重原子のみを考慮していました)。
- Linux版を、32ビット及び64ビットの両方について、GCCコンパイラの新しいバージョンを用いてコンパイルしました。そのため、libstdc++.so.6.0.0 以上が必要となります。もし、必要なライブラリが見つからない(Missing dependencies)などの問題に遭遇した場合は、お問い合わせください。
Molegro Molecular Viewer が、このリリースから、KNIMEワークフローに対応するようになりました。
これによって、サードパーティのソフトウエアを用いたデータベースへのアクセスやリガンドの前処理のような既存のワークフローとMMVを統合を実現しています。KNIMEプラグインをインストールするには、MMVを更新された後、http://www.molegro.com/knime にアクセスしてください。
変更点:


