ClassPharmer™が、 MedChem Studio™となって新たにリリースされました。 強力なクラスタリング機能に加え、多くの分子設計要素を盛り込んだ、ドラッグディスカバリーのための統合プラットフォームです。
これまでのClassPharmer™の持つ機能を継承しながら操作性能が向上、さらに新たな機能が追加されています。
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MedChem Studio™は、リードの同定や優先順位付け、de novo design、新規骨格構造探索、リードの最適化をサポートする、非常に直観的なケムインフォマティクスプラットフォームです。まさに、メディシナルケミストのための、最も高度な、データマイニングとドラッグデザインのソフトウエアと言えます。 このソフトウエアは、4つのモジュール – Basic, SAR, Design, ADMET に分かれており、それぞれ別々にライセンスされます。
MedChem Studio™のクラス生成テクノロジーが、共通骨格構造に基づいて分子を化学ファミリーに自動的に分類することにより、ケミストの論理的思考を現実のものにします。
- フィンガープリントではなく、最大共通部分構造(MCSs: maximum common substructures)を使用しますので、それらの結果は、化学的に非常に直観的なものとなります。
- 事前に定義されたリストから骨格構造を読み込むのではなく、そのデータから骨格構造を習得します。そのため、新規の構造モチーフが発見される可能性があります。
- 局所的なQSAR生成, 分子設計, その他の分析的な課題に対して、理想的な出発点を提供します。
MedChem Studio™ では、入力に分子のリストを用いるだけでRテーブルを作ることができます。
- 骨格構造とRグループが、自動的に決定されます。
- それぞれ全体にカスタマイズ可能なテーブルであり、Excelや他のソフトウエアにエクスポートすることが可能です。
- 新たな生成物分子を発生させるために、R tableを組み合わせ的に"explode"するオプションがあります。
- R group pairs により、分子特性や活性について、置換効果を可視化することできるようになりました。
MedChem Studio™のクエリー機能により、ISIS/DrawやChemDrawからペーストした構造を用いて、データの検索が可能です。また、シミラリティ機能では、興味の対象と なるリファレンス分子に構造上類似しているすべての分子を素早く同定することを実現し ています。
- 類似度の距離関数やフィンガープリントタイプを修正することによりスコアをカスタ マイズします。
- 分子の強調表示を通してスコアの構造基盤を表示します。
- 読み込んだデータや外部ファイルにある分子を用いて類似度の計算を行うことが できます。
MedChem Studio™ のペアSAR機能が、レセプターのバインディングや腸透過性の場合にあるような、構造は類似しているが重要な分子特性のひとつがかなり異なる値を持つような分子のペアを見つけ出します。
- 類似度の計算は、フィンガープリントではなく、最大共通構造(MCS)をベースにして行われます。このため、直観的な分子アライメントや構造差の強調表示などが可能です。
- 解釈が難しいタニモトスコアではなく、的確な原子や結合の数で、類似度のカットオフを指定することが可能です。
直観的なネットワークビュワーを用いて、分子間の構造的な相関を可視化します。
- 重要な活性パターンを明らかにするため、構造的な変化の経路をナビゲートします。
- 重要なコア構造における観測されるすべての変化をすばやく同定することで新規骨格構造探索を容易にします。
強力で、カスタマイズ可能なエンジンが、SMIRKSやISIS/Drawフォーマットで記述された複雑な反応や変換を解釈します。
- コンビナトリアル反応を用いて大規模なバーチャルライブラリーを作り出します。
- lead evolutionや新規骨格構造探索を導くための、リード分子のアナログを発生させます。
- de novo設計で用いる構築要素を得るために、RECAPや他のフラグメンテーション法を適用します。
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