


MedChem Studio™ 2.0 リリースノート
MedChem Studio™ 2.0 - New Features
- MedChem Designer™との連携
- MedChem Designerは分子描画機能とADMET Predicter™によるADMETプロパティ予測機能が一体化した新しいソフトウェアです。MedChem Designerを使ってMedChem Studioに表示さえている分子構造を修正したり、新しい分子構造を別のファイルを開かずに追加したりすることができます。また、部分構造検索や共通骨格定義に用いるクエリを作成することもできます。なお、MedChem Designerの全機能を利用したい場合はMedChem Designerを別途インストールする必要があります。インストーラはSimulations Plus社のWebサイト( www.simulations-plus.com )のMedChem Designerのページから無料でダウンロードすることができます。
- Miner3D
- Miner3Dの機能が大幅に拡張されました。
- 分子の再描画機能
- 共通骨格の向きをすべての分子で統一して再描画する機能が追加されました。
- 分子描画機能
- 分子描画機能が大幅に改善されました。
- エクスポート機能
- Canonical non-stereo SMILESへのエクスポート機能が追加されました。
- スプレッドシート
- カラムの並び順がタブ間で統一されるようになりました。
- スタープロット
- スタープロットの配色がタブ間で統一されるようになりました。


以上
MedChem Studio™ 1.0 リリースノート
MedChem Studio™ 1.0 - New Features
- Class Wizard機能
- SDファイルを読み込んで構造をクラスに分類する、Rテーブル、ペアSAR、分子ディスクリプターを生成するといった解析を実行するプロセスをガイドしてくれるClass Wizardが追加されました。
- R Group Pair機能
- 置換基の分子物性への影響を可視化するR Group Pair機能が新たに追加され、Rテーブルをより深く解析できるようになりました。
- タブインターフェース
- Class、R Tablesなどのビューが使い勝手の良いタブインターフェースを使って切り替えるようになりました。
- 各タブの中にあるウィンドウのサイズを変更することができるようになりました。
- Controlウィンドウ
- 各タブにはスプレッドシートに変更を加えるためのボタンなどの制御部品が入ったControlウィンドウが追加されました。
- ClassタブやMoleculeタブのスプレッドシートは通常の“テーブル”形式から各セルに分子画像が入った“タイル”形式に変更することができます。タイル形式は1ページで多くの構造が目に見えるので、特に報告書の作成に便利です。
- スプレッドシートのカラムを動かなくすることができるようになりましたので、右にスクロールしてもそれらを表示されたままにすることができます。これは分子画像を表示したままそれらの分子物性を見る場合に便利です。
- スプレッドシートの行の高さはControlウィンドウを使って同時にすべてを変更することもできますし、スプレッドシートの一番左の固定されたカラムを使って個別に変更することも出来ます。
- 右クリックによるカラムサイズの変更機能にカラムサイズをすべてのセルのデータにフィットさせるオプションが追加されました。
- ドラッグ&ドロップによりスプレッドシートの行やカラムを移動させることができるようになりました。
- Controlウィンドウにあるダイナミックフィルターバーを使ってスプレッドシートの行を非表示にすることができるようになりました。これにより指定した物性値の範囲内にある項目(クラスなど)に絞って取り組むことができます。
- クラスや分子の物性によってスプレッドシートのセルを色分けする”Heat map”機能が追加されました。
- Distributionウィンドウ
- いくつかのタブにあるDistributionウィンドウには物性値を変更したり、棒グラフと散布図を切り替えたり、プロットのスタイルを変更したりするボタンが追加されました。
- Distributionウィンドウに”two-color”モードがサポートされ、スプレッドシートで選択した項目が別の色で描画されるようになりました。この機能を構造や物性を基準にスプレッドシートを選択して使うと、SAR傾向を見つけるのに非常に役立ちます。
- Distributionウィンドウはインタラクティブに動作するようになり、棒グラフや散布図の点をクリックするとそれに相当するクラスや分子がポップアップウィンドウに表示されます。
- Focusウィンドウ
- Classの代表分子はFocusウィンドウ(以前はDockウィンドウと呼ばれていました)にあるボタンを使って変更することができるようになりました。これらのボタンはClassを構成する分子を表示する迅速で便利な手段としても使えます。また、Controlウィンドウにあるボタンを使えば、Classの代表分子すべてを一度に変更すること(例えば、分子量の最も低い分子から最も活性のある分子に変更するなど)も可能です。
- Focusウィンドウをダブルクリックするとその項目がスプレッドシートにハイライトされて表示されます。
- Classタブの分布図をClassすべて(デフォルト)の分布からFocusウィンドウに表示されているClassのみの分布図に変更することもできます。
- 分子属性の変更
- 分子属性は外部のファイルから新しい値をインポートしなくてもアプリケーション内で動的に変更できるようになりました。
- Keysタブ
- Keys(ディスクリプター)タブにおける主な改良点は、キーの構造表示、分子のアライメント機能、スタープロット表示、キーの物性値の相関係数計算、エクスポート機能の改良、プロッティングの改良、スプレッドシートのコンテキストメニューへのオプションの追加などです。
- Rテーブルに基づいたキー(ディスクリプター)生成方法が新たに追加されました。この方法ではR基に局在するディスクリプターが生成されます。Keysタブでこれらのキーを表示することで、置換基の分子物性への影響が解析しやすくなります。
- その他
- Classのサイズ、骨格構造の複雑度、分子の活性値の分布などの値でClassを順位付けするClassの優先順位付け手法が追加されました。
- ClassタブのR TablesカラムにRテーブルの骨格構造が画像として表示されるようになりました。
- 分子、スタープロット、活性値分布、Rテーブルの骨格構造の画像がすべてエクセルファイルにエクスポートできるようになりました。
- SAR NetworksタブではNetworkタブがデフォルトで表示されるようになりました。このタブにはボタンがいくつかあり、ネットワークを簡単に操作することができます。また、活性値についての便利な凡例もあり、SAR解析が容易になります。
- SMILES文字列あるいはISIS/DrawやChemDrawからコピーした構造に関するクリップボードからの分子のインポートが改良されました。
- スタープロットの作成・修正処理が改良されました。さらにスタープロットのカラーやデータ範囲がCTKファイルに保存できるようになりました。
- MoleculesタブやR Tablesタブでもスプレッドシートの行を選択して非表示にすることが可能となりました。
- QMDファイルを読み込んで表示することが出来るようになりました。このファイルはADMET Predictor™でもともと使われていたもので、SMILESファイルに似たものです。
- MedChem Studioを常にViewerモードで起動するオプションが追加されました。
- 新たに”representative”(Repr)という数値データ用集計関数が追加されました。これはClassの代表分子自身の値を表してます。
- 選択した数値データ用集計関数をClassタブのすべてのカラムに対して同時に反映させることができるようになりました。
- クラス生成、ペアSAR生成、部分構造検索など、ほとんどの主要なアルゴリズムが大幅に高速化されました。
- Similarityタブ、Modelsタブはなくなりました。特にModelsタブはADMET Predictor™の高度なモデリング機能と比較した場合にですが、いずれもお客様にとって十分に役立っているとは考えられなかったためです。
ClassPharmerが名前を変えMedChem Studio™ 1.0として新たにリリースされました。

問合せ先:
〒060-0002 札幌市中央区北2条西2丁目1-5 リージェントビル
Tel 011-223-7456
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