メジャーリリースであるこのMVD 5.0.0では、GPUアクセラレーション機能がサポートされました。これは、今話題となっている、GPU（グラフィックス処理ユニット）を利用した計算加速処理であり、計算処理能力の劇的な向上を実現します。ドラッグライクな化合物のスクリーニングについて、これまでのCPUのみを用いた手法に比べ、最大約30倍の高速化が期待されます。

主要な新機能:

• CUDA並列処理計算アーキテクチャによる、NVIDIAハードウエアを用いた、GPUアクセラレーションドッキングをサポートしました（詳しくは、ユーザーマニュアルの第6章を参照してください）。

• 'Ligand Map'機能が新たに加わりました。タンパク質-リガンドの相互作用を2D上で調べたり可視化したりすることが容易になりました。

その他の変更点

• 新規のインストールの場合、MVDは、ログインや作業領域用のプログラムフォルダーの使用を止め、代わりに、ホームディレクトリにあるフォルダー(通常は、'[HOME]/Documents/MVD Data')を、デフォルトのデータ保存場所として使用するようになりました。

• インポート時の分子のネーミングにSDFデータのヘッダーを指定することが可能になりました。このデータヘッダーは、Preferencesダイアログ、または、MVDスクリプトファイル('PARSERSETTINGS moleculeNameField='を用いる)のいずれかで指定することが可能です。

• ドッキングログファイルの詳細レベルを設定するためのオプションが、preferenceに新たに加わりました（Preferencesダイアログから利用可能です）。このオプションは、特に、バーチャルスクリーニング時のドッキングログファイルをサイズ量を減らしたいような場合に有用です。

• 'Ligand Energy Inspector'の呼び出し時に水素結合が自動最適化(auto-optimization)されるようになりました。このオプションは、Preferencesダイアログで、on/offの切り替えが可能です。

• ドッキングウィザードに、新しいポーズクラスタリングモード 'Virtual screening mode'が加わりました（詳細は、ユーザーマニュアルの第6章を参照してください）。

• 3Dウィンドウ内で、マウスカーソルが原子上に置かれたとき、その原子に関する情報が、ステータスバー(MVDメインウィンドウ左下部)に表示されるようになりました。

• カルバミド基に対して、より適したpreparationが加わりました。

• 限られた操作のみに対応するだけであったため、GUIにあったUndo/Redoの機能を取り除きました。

• バーチャルスクリーン実行時に関連する、いくつかのメモリーリークが修正されています。

• その他、いくつかの軽度なバグが修正されました。

Molegro Virtual Docker が、このリリースから、KNIMEワークフローに対応するようになりました。
これによって、サードパーティのソフトウエアを用いたデータベースへのアクセスやリガンドの前処理のような既存のワークフローとMVDの統合を実現しています。KNIMEプラグインをインストールするには、MVDを更新された後、http://www.molegro.com/knime にアクセスしてください。

変更点:

• KNIME ワークフローがサポートされました。

• 既存のワークスペースにMVDMLワークスペースを付け足すこと（Append）が可能になりました。

• MVDMLが、ポーズをセーブするときのデフォルトのドッキングフォーマットになりました。

• 分子のインポートで、分子ファイル（Mol2ファイルなど）が既に含んでいる水素の部分チャージを、それらと結合している重原子に移すようになりました。
  MVDにおける水素結合は、スコアリング関数の特別な項によって取り扱われており、水素のチャージは考慮されていません。水素にアサインされているチャージを重原子に移すことで、チャージが失われないことを確保します。
  

  注） MVDで提供される内部チャージスキームは、水素原子にチャージを割り当てません。そのため、このチャージは、サードパーティのソフトウエアなどによって前処理された分子にのみ関連するものです。

• Protonation Wizard にある'repair'機能で、場合によっては、タンパク質構造を破損してしまうことがありました： 欠陥のあるPDBファイルが、同じタイプの複数の主鎖原子を持つ残基を含んでいるケースなど (例えば、同じ残基にふたつの'CA'原子がある）です。現在、Protein Wizard は、これらのケースを検出し、これらをフィックスしようとはしなくなりました(Protein Wizard では、主鎖原子が一意的に識別可能であり得る場合のみ、残基の修復と変異を行うことができます）。

• 芳香環にある窒素原子のプレパレーションが改良されました：explicit な水素を持たない分子に対して、MVDはこれまで芳香環の窒素原子をたまに誤ってプロトネートすることがありました。

• バグフィックス: 自由度をもたない残基(例えば、プロリン)上での Sidechain optimization は、Linux 64ビットでクラッシュしたことがありました。また、一部の例では、ある残基が最適化されないことがありました。これを修正しました。

• ワークスペースGUIとPose Organiser のそれぞれある "Hide Distant Residues thresholds" の違いをなくしました（Pose Organiser でのこの機能は、これまで、重原子のみを考慮していました）。

• バグフィックス: 同じMVDスクリプトで複数の'DOCK [FileSource...]' を使用すると、ある環境下で、稀にMVDがクラッシュすることがあった。

• Linux版を、32ビット及び64ビットの両方について、GCCコンパイラの新しいバージョンを用いてコンパイルしました。そのため、libstdc++.so.6.0.0 以上が必要となります。もし、必要なライブラリが見つからない(Missing dependencies)などの問題に遭遇した場合は、お問い合わせください。

今回のアップデートには、分子ファイルフォーマット解析の改良、新しい可視化設定機能やカラーリングオプションをなど、多くの改善/改良が含まれています。

変更点:

• PDB 及び Mol2-パーサー関連:

  • 結合フラグメントの名前が、より明確に直観的になりました(例：'PHP-ALA-ANI [B]')。水分子も、名前の中にチェーンIDを含むようになりました。

  • 共有結合の検出のための閾値を改良しました。

  • 挿入コードを持つ残基についての適正な残基の順序付けを行います。

  • PDBエクスポートに関して、インデックスが99より大きい時に発生した問題を修正しました。

  • Propertiesウィンドウ内に、リガンド形成の元フラグメントを表示する PDBSource フィールドが追加されました。
  • もしPDBファイルが、'PDB Compliancy' 情報を含んでいる場合、PDBパーサーは、PDB Atom Name からアトムタイプを推定する代わりに、最終カラムにあるエレメントタイプを読み取るようになりました。

  • Mol2 parsing: Mol2分子名が空である、または、'****' に等しいような場合、ベースのファイル名が分子名として使われるようになりました。

• PDB/SDF インポートノート.

  • PDBとSDFのファイルからヘッダーノート部分を取り込むことができます。PDB ファイルのヘッダー部分が、ワークスペースの一部としてストアされ、MVD上で表示することができるようになりました。SDF ファイルでは、初めの4行といくつかのアノテーションがストアされます。

  • ひとつのワークスペースに、任意の数の「インポートノート」を含むことが可能です。そのため、それぞれの分子がこれらのノートのひとつを参照に持つことができるようになりました。

  • 取り込まれたノートは、Workspace Explorer 内の分子上でコンテクストメニューを用いるか、あるいは、Workspace Explorer 内で分子をひとつ選択し、'Show ... Notes' ボタンを押すことで表示されます。

  • ノートは、Workspace Properties ダイアログから、表示したり削除したりすることができます。

  • ノートは、ワークスペースと一緒に、MVDML ファイルフォーマットでストアされます。

  • いずれの分子にも参照されなくなったノートは、自動的に消去されます。

• 原子等の選択に、Custom Coloring 機能が追加されました。

  • 「選択」が改良されました: 3D GUI コンテクストメニューで、原子、分子、分子（炭素のみ）、環（リガンド/補因子/ポーズ）、そして、アミノ酸（タンパク質）、の選択／選択解除を行うことができるようになりました。

  • 選択された原子を、3D GUI コンテクストメニューを用いて、カスタムカラーに設定することができます。

  • Workspace Explorer のコンテクストメニューを用いて、分子全体にカスタムカラーを設定することが可能です。

  • カスタムカラーリングは、持続性です - そのため、rendering/coloring スタイルを変更した後それらは持続され、いずれのカラースタイルのすべてに優先します。

  • Custom Coloring の情報は、MVDMLファイル内に、原子と一緒にストアされます。

• 可視化の設定：

  • 水素結合及び静電相互作用の外観をカスタマイズすることが可能になりました。Visualization Settings ダイアログで行います。

  • Visualization Settings ダイアログの'Views' タブからデフォルトの可視化設定を変更することができるようになりました。

  • デフォルト設定を出荷時設定(初期デフォルト設定)に戻すことができるようになりました。

  • 可視化とカメラの設定をMVDMLファイルにストアできるようになりました。

• ヘルプシステム: HTMLベースのオンラインヘルプを付属のPDF版マニュアルに置き換えました。PDFマニュアルに置き換えることで読み易さや使い易さが向上しました。
• Labels: 「選択されたオブジェクト」のみにラベルすることが可能になりました。ラベルは、Workspace Explorer のグループに現れます。また、アトムラベルとして、PDB Atom Name と PDB Index が加わりました。
• Docking ウィザードで Pose Name Pattern を設定することが可能になりました。
• Sequence viewer で broken chain が正しく表示できるようになりました。
• マークされた残基に近接している原子だけを表示するために、Hide Residues ダイアログが、Protein Preparation ウィザードでも使用することができるようになりました（残基は、透き通った球で表されます）。
• 残基鎖中のアミノ酸間の水素結合を表示するオプションが加わりました。'Tools | Show Protein Hydrogen Bonds' から呼び出すことができます。
• 2次構造（リボン描画用）の検出が更新されています。
• 選択された残基を非表示にする（隠す）オプションが追加されました。
• これまであったいくつかの小さなバグが修正されました。

今回のアップデートでは、MVG (Molegro Virtual Grid)のパフォーマンスが改良され、Data Analyzerに新たな機能が追加されました。

主な変更点：

• MVG がversion 1.1にアップデートされました:

  • Molegro Virtual Grid が、大きなデータセットに対して、より高速かつCPU及びディスク効率がよくなるように最適化されました。

  • Agent GUI とController GUIが改良されました。

  • 今回のアップデートでは、特定のネットワーク構成で発生する、いくつかのネットワークプロトコル問題が修正されています。

• Data Analyzerのアップデート:

  • 'Apply model to external dataset'は、全てのデータをメインメモリにインポートせずに外部CSVファイルに回帰モデルを適応するための新しいダイアログです。これによって限られたディスク容量でも大きなデータセットで作業することが可能になりました。

  • 新しいCSVインポートダイアログでは、インポートする前にCSV datasetをプレビューしてからフィルタリングやsubsetをインポートすることが可能になりました。

• GUIのログの自動剪定機能を加えました（現在は2000エントリーのみ掲載されています。）
• Bugfix: ポーズの中でフレキシブルボンドの切断するとMVDがクラッシュすることがありました。このバグを修正しました。

Molegro Virtual Docker 4.0.2では、マイナーアップデートとして、より大きな分子やMVGスクリプトにおける外国語(unicode)文字などへのサポートが強化されました。いくつかのバグフィックスも行われました。

主な変更点：

• Molegro Virtual Grid: 日付、ファイルネーム、スクリプトにおける、外国語キャラクター（ユニコードキャラクターや#、?、@といった特別なキャラクター）についてより良い対応を施しました。
• Molegro Virtual Grid: MVGエージェントによる、MVD実行モジュールのパスへのライトアクセスが不要となりました（これは、Mac OS Xで問題になっていました）。
• 'Color By ID'パレットカラーを更新しました。それにより、より強く、はっきりと識別できる色が使われるようになりました。また、'Color by Id (Carbons Only)'のカラースタイルが、プロテインでも利用可能になりました。
• 水素結合の表示で、結合がわかりやすいように、水素結合が多少太く表示されるようになりました。
• Mol2インポートで、UNKや<0>グループ名を持つリガンドに関する名前を正しく解釈できるようになりました。Mol2インポートは、タブとスペースのどちらも、原子と結合の情報ヘッダーでホワイトスペースセパレーターとして考慮するようになりました。新しいオプション'Use hybridization from Sybyl Atom Types'（default: enabled）が、"Preferences | Parsing"にあります。
• 複雑なリガンドの処理の向上： 複雑な環構造トポロジーについてそのRMSD自己同形チェックには非常に時間を要しましたが、チェックに上限を設けてこれを改善しました。
• 大きなタンパク質の処理が改善されました：クラッシュ（内部クラッシュ）や一貫性検査は、10秒後に停止するようになりました。これまで非常に大きなタンパク質については、15分以上を要することがありましたが、この改良でほとんどのケースでタンパク質のクラッシュチェックは高速化されました。
• MVDアプリケーションメニューからローカルのMolegro Virtual Agentのエージェントをスタートさせるショートカットが加わりました（'Tools'の下）。
• Bugfix: プラットフォームのいくつかで、リガンドがない状態で水素結合を呼び出すとMVDがクラッシュすることがあった。
• Bugfix: Ligand Energy Inspectorで、'Optimize Ligand and Protein Hydrogen Positions'を選択するとときどきすべての水素結合を考慮することができないことがあった。

今回のメジャーアップデートでは、以下のような機能の追加更新が施されました。

主な変更点：

• PLPベースのスコアリング関数 PLANTS Score が新たに追加されました。PLANT Score 及び PLANT Score[Grid]が利用できます。
• 分子ドッキングのための、新しいサーチアルゴリズム Iterated Simplex が加わりました。Iterated Simplex とアントコロニー最適化（Ant Colony Optimization）アルゴリズムに基づいた適応サンプリングを組み合わせることが可能です。
• バーチャルグリッド機能(Molegro Virtual Grid:MVG)が搭載されました。ドッキング計算を分配するための新しいインフラストラクチャです。コントローラーによりドッキングジョブをユニットに分け、それらをグリッド上（ネットワーク上）のコンピューターに分配することができます。複数のコンピューター上でMolegro Virtual Gridを用いるには、別途拡張ライセンスが必要となりますが、MVDのユーザであればこのMVGをシングルコンピューターで使用することができます。例えば、ベーシックライセンス（無償）では、MVDをラップトップコンピューターで使用し、そして、リモートで、よりパワフルなデスクトップコンピューター上でドッキング計算を実行することを可能にします。ベーシックライセンスでは、また、コンピューターにある、すべての利用可能なコアを自動的に使用することを可能にします。
• レイトレーシングの機能が組み込まれ、印刷物品質のグラフィックスを生成したり、高分解能な出力を発生させることができるようになりました（上の図参照）

マイナーチェンジ：

• グラフィックスの改良：分子サーフェスのレンダリングと'tube'タイプの主鎖レンダリングが改良されました。ワイヤーフレーム描画では、ダブレットやトリプレット、非局在化の結合を表示できるようになりました。
• Tripos アトムタイプ. MVDがMol2ファイルにあるTriposアトムタイプを読み書きできるようになりました。Triposアトムタイプはまた、PLANTS スコアリング関数でも使用されます。
• 独自に置いたライセンスファイルの場所を指定できる、コマンドラインオプション '-licensedir' が加わりました。
• ドッキングウィザード： ドッキング計算のスタート前にドッキングスクリプトをマニュアルで修正することができるボタンが追加されました。
• キャビティ情報をPDBファイルやMol2ファイルにエクスポートできるようになりました（Cavityコンテクストメニューから）。キャビテイのポイントは水分子としてセーブされます。
• 新しいスクリプトコマンドが追加されました：'SEARCHSPACE'は、所定の分子やキャビティをベースに、ユーザ定義の半径と位置を用いてサーチスペースを生成させます。
  例： 'SEARCHSPACE radius=12;center=ligand[0]'
• 分子のインポート： Mol2 importerが、UNKの残基名を持つ金属イオンをサポートするようになり、そして、'Dummy'アトムレコードの取扱いが改良されました。Mol2エクスポート機能は、1000原子以上を持つ分子を正しく取り扱うようになりました。インポートとエクスポートはそれぞれ'unknown'アトムタイプにより正しく機能するようになりました。PDBパーサーは、原子のシリアル番号を読むようになりました（Properties ウィンドウで調べることができます）。データソース（DataSources）がMVDMLファイルからのリガンドの読み込みをサポートするようになりました。また、リガンドを補因子として取り込む新しいオプションを加わりました（Import Molecules ダイアログで）。

Bug fixes:

• （非常に大きなドッキング計算を行う時に関連する）メモリーリークが修正されました。
• Pose OrganizerからLigand Energy Inspectorが正しく呼び出すことができず、MVDがクラッシュすることがあったというバグをフィックスしました。。
• バージョン3.2.1で、'cartoon'バックボーン表示機能が2次構造を表示しなくなってしまった点が回復しました。
• ソフトコンストレインのペナルティが、MolDock Drid Evaluator で2度含まれていた問題を修正しました。

今回のマイナーアップデートでは、いくつかの機能が追加され、さらに、より大きなタンパク質構造の取り扱いが可能となりました。

主な変更点：

1. Sequence viewer:キャビティ近くの残基を緑色のリボンで示されるようになりました。距離の閾値は、シーケンスビュウワーのコンテクストメニューを用いて設定することができます。

2. Backbone visualization: 新たな可視化スタイル - "Difference tube" - が加えられました。ワークスペースにふたつの重なったタンパク質鎖が存在する必要があります。

   'difference' tubeの半径は、ワークスペース中の、選択したタンパク質鎖のCα原子と他の鎖の最も近いCα原子 との間の距距離に比例します（すなわち、比較されるCα原子は、シーケンスアライメントに基づいてはいません。

   これにより、二つの重なった構造のどこがもっとも異なるのかを可視化することが可能になりました。

3. ポストドッキングの最適化時に大きなタンパク質構造について非常にメモリーを消費し、メモリー不足のエラーを引き起こすことがありました。このバグをフィックスしました。

4. 大きなタンパク質に対して、キャビティ検出時にout-of-memoryエラーを引き起こすことがありました。これをフィックスしました。

5. Sequence Viewer: 'Hide Non-Selected Residues'モードで、新しい構造をインポートするときに起こる可能性があるバグをフィックスしました。.

6. Hide Residuesダイアログ: ワークスペースに、リガンド、選択、サーチ空間などの無い状態でこのダイアログを起動するとクラッシュする可能性があるバグをフィックスしました。

主な新機能

1. Docking Wizard へいくつかの改良が加えられました：
   • 'Energy Minimization'と'Optimize HBonds' オプションが加えられました： Energy Minimization では、(non-grid) MolDock スコアリング関数を用いて、並進、配向、そして、フレキシブル二面角について、簡潔な Nelder-Mead Simplex ミニマイゼーションが行われます。 Optimize H-Bonds は、ドッキングの後、あらゆる回転可能な水素ドナー（リガンド内及びタンパク質内の両方）に対し、水素位置の最適化を行います。これにより水素結合をより精度よく評価することが可能になります。
     注意）このオプションを有効にすると常に僅かにエネルギーが高くなります（ジオメトリックな水素結合項が水素結合エネルギー上に課せられるペナルティーであるため）- これは、水素結合の最適化の後でその結果が悪くなってしまうという意味ではなく、より正確な評価によって水素結合のジオメトリーに対して追加のペナルティーを課することができるようになったという意味です。
   • ドッキング設定の項目のいくつか("Number of runs", "Population size", "Max Iterations", "Simplex Max Steps")についてその上限値が大きくなりました。

   • MVDResultsファイル生成時にSMILESカラムを生成するオプションが加わりました。デフォルトではオンになっています。'Docking Output/Data output'で設定できます。SMILES文字列は、Data Analyzer で2D分子図を生成させるために使用することができます。

   • 一貫性チェックとWarningが改良されています。

2. Molecule import (Mol2, SDF, PDB) がアップデートされました：

   • パーサープリファレンス設定に新たに二つの項目が加わりました：1) Mol2サブストラクチャと小さなPDB分子をコンバインする(同じチェーンIDを持つ), 2) インポート時、非現実的な結合を無視する (Mol2/SDF).

   • 分子インポートに関して、整合性のチェックとWarningが改良されました。
3. Data Analyzer（データアナライザー）が改良されました：

   • 2D分子描画(SDFフォーマット、または、SMILES)。座標が存在しない場合は、内部2Dレイアウトエンジンを用いて座標を発生させます。分子は、スプレッドシートセルの内部、あるいは、独立したグリッドウィンドウ内に描画させることができます。また、分子を直接２Dプロッター内で、さらに、分子が重なり合っているクラスターについても可視化することが可能です。

   • カラムのリオーダーが可能になりました ('Edit | Reorder Columns...' )。

   • 選択されているカラムからの新しいデータセットの生成が可能になりました('Preparation | Create New Dataset From Selected Columns')。ダイアログには、near-constantなカラムの剪定と検出に関するオプションがあります。

   • Insert Columns ダイアログが新たに追加されました( Edit | Insert Columns...）。

   • Copy-And-Pasteの改良（カラム全体をペーストする時、カラム名も）。

   • 予測結果の解析のための、新しいBivariate Analysisダイアログ(最小二乗適合線）。

   • 既存カラムの積/二乗により新しいカラムを発生させる Cross-Term Generator。

   • 新しいコンテクストメニューオプションにより、 異なるクラスをスプレッドシート上で素早く色付けすることが可能になりました。

   • Data Transformationパーサーが新しいコマンドでアップデートされました:
     Min(A,B), Max(A,B), IF(condition,ifTrue,ifFalse), STEP(A), SIGN(A).
4. Hide Residues ダイアログの改良：
   • 残基の可視化が、選択した分子の中心を用いる代わりに、その分子にある原子それぞれへの最短距離をベースにするようになりました。
   • ポーズをターゲットとして選ぶことができるようになりました。
   • 非表示とする距離の閾値を浮動小数点で与えることができます（そのレンジを拡げました）。
   • 遠く離れた分子（タンパク質以外）を非表示にするオプションが付きました。
   • Cropping が半径ベースではなく、'Hide Residues' ダイアログによって可視化される分子と残基を反映するようになりました。
5. より向上したCavity detection：
   • キャビティをマージするための新たなオプション（Workspace ExplorerのCavityコンテクストメニューから利用できます）。
   • 'search space' 球で定義される部分体積へのキャビティ検出の制限 (これにより大きな分子への取り組みを容易にしました）。
6. Ligand Energy Inspector を改良しました：
   • このダイアログ内で、別の分子への切り替えや、状況に応じて他のリガンドやポーズを非表示にすることが可能になりました。
   • ターゲットの分子相互作用を、atom、あるいは、residue/molecule のどちらかで表示することが可能になりました。
   • 選択されていないターゲット残基を非表示にすることができるようになりました。
   • 水素結合の可視化が改良されました。
   • リガンド及びタンパク質の水素結合水素が最適化されている複合体を評価するオプションが加わりました。
7. Mac版の計算速度向上させました: (Intel Macでドッキング計算が約1.5倍高速化しました)。
8. 分子サーフェスを、現在のサーチ空間で定義されるボリュームに制限することが可能になりました。
9. Preparationメニューに、'Create Search Space' が追加されました。
10. Ligand コンテクストメニュー： リガンド内のすべてのフレキシブルトーションをオンオフするオプションが加えられました。
11. Sequence Viewer: 視覚化の向上のため、'Hide Non-Selected Residues' オプションを用いるとき、atoms/residues は選択されないようになりました。
12. 新たなカラーリングスキーム： 'color proteins by hydropathy' が加わりました。
13. スクリプトコマンドに、スクリプトからディレクトリーを作る、'MKDIR' が追加されました。
14. コンソールコマンドに、ディレクトリーの生成と消去のための、'MKDIR' と 'RM' が追加されました。
15. 現在実行されているMVDスクリプトを表示するタブが、Batchjob GUI（Docking Wizardの最後のパネル）に追加されました。

Bug Fixes:

• PDBインポートエラーの修正：3文字長より短い名前を持つ分子の処理問題をフィックスしました。
• Exportダイアログがポーズのエクスポートをより良く処理します。
• Properties ウィンドウやDescriptor ウィザードでレポートされるフレキシブルトーションの総数が、すべての可能なフレキシブルトーションを返していませんでした（現在選択されているものだけでした）。今回、ふたつの異なる回転結合ディスクリプターが利用可能となりました：'Rot' ディスクリプターは、すべてのフレキシブルトーションを返し、'Rot2' は、only rotating terminal atomsの結合を除いたフレキシブルトーションの数を返します。
• タンパク質のcropping/deletingの間にSequence Viewerが表示されるとMVDがクラッシュする、というバグを取り除きました。

主な新機能

• Displaced Water Model. 新たなdisplaced water modelによって、explicitな水分子を用いたドッキング時に、リガンドは、個々の水分子をdisplaceすることができるようになりました。このため、より精密にリガンドのバインディングを介在する水分子をモデル化することが可能になりました。
• Molecular Descriptors. MVD で、Molegro社独自のトポロジカルCFDM (Chemical Feature Distance Matrix) ディスクリプターを含む、いろいろな分子ディスクリプターを計算することができるようになりました。ディスクリプター計算のウィザードは、'Tools | Molecular Descriptor Wizard'を用いて呼び出すことができます。
• Protein Preparation ウィザード. これまでのProtonation ウィザードを取り去り、新たにProtein Preparationダイアログに置き換えました。このダイアログを用いることにより、標的レセプターを素早く検証し、プロトン化状態を調べ変更することが容易になりました。この新しいPreparation ダイアログは、また、サイドチェーンの修復、ミューテーション、ミニマイズを可能にします。様々なプロトン化状態のテンプレートが、ユーザがカスタマイズできるXMLファイルにストアされ、新たなカスタムプロトネーションパターンを簡単に追加することができます。

• Data Analyzerに、Similarity Browserが新たに加わりました。これにより、化合物セットの類似性についてのランク付け（選分け）が容易になりました。

マイナーアップデート

• フレキシブルサイドチェーンが有効な状態でドッキングを行う時、サイドチェーンが再配向された後、リガンドのミニマイズ計算が実行されるようになりました。

  ミニマイズの間、非局在化電子系をリジッドに保つことにより、サイドチェーンミニマイゼーションが多少ですが改良されました。

• サイドチェーンをその疎水性に応じてカラーリングすることができます（KyleとDoolittleによって導入されたHydropathy Index を用いて）。新しいカラーリングスタイルは、'Color Proteins by Hydrophobicity' を選ぶことで呼び出すことができます。分子サーフェスも、疎水性に従ったカラーリング時に、このインデックスを用いるようになりました。

• Preferences から、ログファイルのディレクトリーを変更できるようになりました。また、Pose Organizer で、データをタブ区切りのファイルとしてエクスポートすることが可能になりました。

• スタートアップ時に特定のマクロを実行するためのコマンドラインオプションが追加されました。シンタックスは、'-macro=labelname' です。注意：labelname 中にはスペースを含むことはできません。

• MolDock SE が、ドッキングウィザードでのデフォルトのオプチマイザーになりました。

• Data Analyer で、代数パーサーに関する新しいオペレータが追加されました : < , > , <= , >= , ! , == , != , && , || （Boolean記号: 0 が'false', それ以外のすべては 'true'）.

• 'Hide Residues' ダイアログが更新されました。指定した半径内に有効になっている残基が表示されるかどうかをチェックすることが可能になりました。

バグフィックス: 以下の問題点を修正しました

• Ligand Energy Inspector などで用いられている MolegroEvaluator が、グリッドを用いないドッキングで使われる OptimizedMolegroEvaluator と同様に、水素結合を扱うようになりました。これまでは、もし弱い水素結合ジオメトリーのために水素結合が strength=0 を持つ場合、MolegroEvaluator はその相互作用を無視することになっており、一方で OptimizedMolegroEvaluator は、代わりに立体相互作用を計算することになっていました。現在、どちらの評価子も OptimizedMolegroEvaluator によって用いられるアプローチを使用します。

• Data Analyzer の、Data Transformation ダイアログと'#'を含んでいるカラム名に伴うバグを修正しました。注意：変わったキャラクターを持つカラム名は、通常は、引用符で囲む必要があります。

• 前のMVDで、ドッキング出力ディレクトリーがユニコードキャラクターを含んでいる場合にクラッシュすることがありました。このバグを修正しました。

• 数値インデックスが原子エレメント名に付加されるように、PDBフォーマットへのエクスポート機能を修正しました。これは、いくつかのサードパーティソフトウエアがPDBフォーマットファイルをインポートする場合のリクエストへの対応です。

• Data Source インポートシステムに部分的にあったメモリー未開放を修正しました。

新機能及び変更点

• Dockingウィザードに、内部リガンドエネルギー項の取り扱いをカスタマイズするためのオプションが加わりました。内部リガンド静電力、内部リガンド水素結合、内部リガンドsp2-sp2二面角項についてオンオフを切り替えることが可能です。Ligand Energy Inspector でもこれらの項のカスタマイズやリガンドの内部水素結合を可視化することが可能になりました（上の右図）。
• MVDでも、Unicodeがサポートされました： MVDScript、DockingResults、MVDML、Macroの各ファイルは現在すべてUTF-8でエンコードされたテキストとしてストアされます。新しいPreferenceオプション：Parsing | Default File Encoding が加わり、この設定は、SDF、Mol2、PDBファイルのインポートとエクスポート時に使用されます。MVDML及び他のXMLベースのファイルは常にUTF-8フォーマットでエンコードされます。
• MVDで用いられるいろいろなエネルギー項をより詳細に説明するようユーザマニュアルを更新しました。
• Docking ウィザードに、ポーズをMVDMLフォーマットでセーブするオプションが加えられました。デフォルトでは、ポーズはまだMol2でセーブされますが、MVDMLフォーマットでは、Mol2フォーマットにはない、プロパティをセーブすることが(例えば、もしユーザが混成や水素結合能力を所定の原子について変更した場合).
• Descriptor pruning、新しいcoloring scheme、zoom オプションが、Correlation Matrixダイアログに加わりました。Data Analyzerでご利用頂けます（上の左図）。
• Pose Organizer速度の改良: MDM-モデルへの適用とData Analyzer でのMVDResultsのインスペクションがより高速になりました。
• Pose Organizerで、並べ替えの基準のデフォルトが、'Ligand + MolDockScore' から 'Ligand + Rerank Score' に変更されました。
• スタートアップ時に、'check for updates on startup' を有効にするかどうかの確認を加えました。
• MVDからハードコードされたバインディングアフィニティスコアを取り除きました。バインディングアフィニティモデルは、有効のままで、'Misc/BindingAffinity.mdm' で確認できます - 現在、Data Analyzer regression model としてストアされています。Pose Organizer に直接応用できます。
• Mol2/SDF/PDB(mol2, sdf, sd, mdl, mol, pdb, ent)ファイル及びMVDワークスペースファイル (MVDML)について、Mac OS X上でのファイルの関連付けをサポートしました。

バグフィックス: 以下の問題点を修正しました

• Docking ウィザードで指定されるドッキング結果の出力ディレクトリーに書き込み許可がない場合、MVDがクラッシュすることがありました。現在は、警告メッセージが表示されます。
• Preferencesで: タンパク質サイズの閾値が、水素原子まで含むすべての原子をカウントしていました。現在、ヘビーアトムのみをカウントするようになりました。
• MVDResultsファイルで、参照されるポーズが無いまたは壊れていてコンテクストメニューがアクセスされると、Pose Organizerがクラッシュすることがありました。
• 可視化スキームまたはグラフィカルオプションの変更時に、Pose Organizer がダイナミックモードで時々クラッシュしていました。
• Data Analyzerが、MVDResultsを正しくインポートしない場合がありました（最初の行がヘッダ名として解釈されていませんでした）。

• Data Analyzer メニューに、PLS回帰法が表示されていました。

新機能:

• Ligand Energy Inspectorが追加されました: すべての相互作用について詳細な情報を表示します。
• Structural Protein Alignmentが追加されました: リジッドにタンパク質の重ね合わせが可能になりました(残基名または位置をベースにしたシンプルな配列マッチングを用いています)。

マイナーチェンジ:

• Template Docking: 正負のチャージについて、チャージの閾値の指定ができるようになりました(この閾値よりも低い数値チャージを持つ原子はチャージされていると見なされません)。
• Preferences: レイアウトが若干再編成されました。新たに、'Parsing'タブが追加され、'Minimum protein size' (このサイズより小さな分子は常にリガンドとして解釈されます)を指定することができるようになりました。
• Preferencesは、'applicationSettings.xml'ファイルにセーブされないようになりました。代わりに、OS依存の場所、Windowsでは、Registry Database, Macでは、 Carbon preferences APIに、Linuxでは、テキストファイルにストアされます。
• 'Import ダイアログ'で報告される、ワァーニングインスタンスの最大値が1000に設定されました。
• Labels: ワークスペースのコンテクストメニューに、'Invert Selection' と 'Remove Checked Labels from Workspace'オプションが追加されました。

バグフィックス:以下のバグがフィックスされました

• Mac OS Xで、ある環境下で Visualization 設定ダイアログがクラッシュすることがある。
• ある結合で分子を分離するとき、フレキシブルとして選択されている結合が、元々の分子から継承された。いくつかのケースでは、これによりドッキング計算時に'NaN'エネルギーを生成した。
• ドッキング計算でフレキシブルとして、水素のみに結合回転を設定することができてしまう。(すなわち水酸基ローター) - MVDは、通常、ドッキング計算時に水素原子の最適な位置を自動的に推定します。以前は、水素のみが回転するような結合を"フレキシブル"と設定することができてしまったため、結果として、MVDは、ドッキング計算時に 'NaN'エネルギーを引き起こしていました。
• PDB インポートバグ: 二つの水素原子がクラッシュしている場合(すなわち、0.9Aより近いもの)、MVDは、それらの原子を結合していた。
• PDB エクスポートバグ: unknownなPDBアトムネームを持つ水素は、エレメントタイプ'H'でストアされる。
• BugFix: ライトプロテクトされたファイルやディレクトリーにMVDMLファイルやMacroにセーブするときクラッシュしないようになりました。

• undo/redo機能を持つ、'Split Bond' コンテクストメニューコマンドが追加されました。このオプションは、リガンド、ポーズ、補因子に対して有効です。

• Cavity Dialog: リガンドと補因子をターゲット分子として含み、最小/最大値を指定することが可能になりました。また、'Reset All to Defaults'オプションが追加されました。

• Cavityコンテクストメニューに、'Invert Selection', 'Remove Checked Cavities From Workspace'が追加されました。

• Pose Organizer: 'Show distant residues'オプションで、閾値をオングストローム(Å)で指定することが可能となりました。また、'docking results'ファイルがRMSD値を含んでいれば、このカラムは自動的に有効になります。

• サーフェス及びキャビティ検出についてメモリーを割り当てる時警告を出す機能が追加されました。

• Data Analyzerに、以下のような多くの新機能が追加されました。

  • スプレッドシートの行や 2D/3Dプロットの色付けがサポートされました。

  • Data Preparationメニューが拡張されました: 次のメニューエントリーが追加されました。'Select Constant Columns', 'Set Selected Cells to Random Distribution', 'Convert Discrete Descriptor...', 'Delete Columns with Invalid Cells' ,'Delete Rows with Invalid Cells'.

  • 現在使われているデータセットを素早くサーチできるDataset Finderが追加されました。

  • Subsetでの利用が可能になりました: 'Create Subset From Selected Rows...' メニューオプションが追加されました。'Extract One Subset (Using 'Subset' Column)' 及び 'Split Dataset (Using 'Subset' Column)' オプションをデータセットコンテクストメニューに追加しました。

  • 2D及び3Dグラフにjitterオプションが追加されました。

  • 現在選択されている行について別の表現で表示する、'Window | Custom Data View'が追加されました。

  • スプレッドシートのカラムのソーティングが変更されました。カラムは、'Edit'メニュー、または、ヘッダー上でのコンテクストメニューを用いてソートされるようになりました。

  • ニューラルネットワークモデル情報ダイアログに、モデルの、擬似コードのタブが加わりました。

  • カラムと行の選択についてメニューオプションが追加されました。

Bug Fixes:

• 分子のプレパレーション: 芳香族性の検出に関するいくつかのバグをフィックスしました(稀に、芳香族環の検出に失敗し、結合が芳香族環の一部ではないにも関わらず、'aromatic'とタイプされていました)。

• 外部データソース: MVDで、非常に大きなSDFファイル(>100MB)を扱えるようになりました。ドッキングでは、ワークスペースにリガンドを必要としません。

• バックボーンの可視化: タンパク質の一番目の残基から始まるヘリックスが可視化されないバグをフィックスしました。

• タンパク質のクロッピングでポテンシャルがクラッシュすることをフィックスしました。

• Script Parser: 'FOR' と 'SET' コマンドが大文字小文字を区別しなかった。 これは、ある環境下で、Linuxシステム上のファイル名に関して問題を起こすというバグをフィックスしました。

• Distance Constraints: 距離による束縛がワークスペース内にあるリガンドを参照して、その後でリガンドが消去された場合、ドッキングの初期化の時MVDがクラッシュしてしまうというバグをフィックスしました。

• ルートアトムを水素原子に設定できない(ヘビーアトムのみ）点を修正しました。(これは、ルートアトムとして振る舞う水素原子がリガンドから除去された場合は、問題となる可能がありました)。

• ドッキングテンプレート使用時にバインディングサイトの基点(User-defined, Cavities)を切り替えるとドッキングウィザードがクラッシュするというバグをフィックスしました。

ひとつのポーズとひとつ以上のリガンドから生成されたテンプレートとの間の類似性を評価する新しいリガンドベースのスコアリング関数が加わりました。

この機能は、フレキシブルリガンドのアライメント、ファーマコフォーとしてテンプレートを用いた標準ドッキング、既知インヒビターへの類似性に関するデータベースのスクリーニング、そして、３D QSARにも利用することができます。(テンプレートの各ポイントでのサブスコアを生成させ、回帰モデルを生成するためにData Analyzerを用います）

データソースを用いると、ファイルに含まれるすべての分子をメモリー上にロードする必要はもうありません。代わりに分子は所定のデータソースから必要に応じてロードされ準備されます。これは、複数マシンでの、大規模なスクリーニング計算のセットアップと分配を容易にします。

• ニューラルネットに加え、重線形回帰が追加されました。

• Feature selection: いくつかのスキーム(forward, backward, Simulated Annealing) と モデル比較手法 (Bayesian Information Criterion, cross validation).

• 新しい表示機能: 1D ヒストグラムデータプロッター及び 3D データプロッター

• Data Transformationウィザードにより、代数式を用いた任意のデータ変換が可能になりました。

• 新しい統計手法とa Scaling and normalization ダイアログ

• いくつかのユーザインターフェイスを更新

• ドッキング結果やシミラリティドッキングデータの解析がデータビジュアライザーで直接できるようになりました。

ポジション、オリエンテーション、トーション角のランダム化が可能になりました。Tools | Molecule Randomizer から利用できます。

バグフィックス:

PDB, SDF, Mol2 ファイルのインポートが改良され、より多くのアトムタイプに対応するようになりました。

原子や結合のプロパティの変更時にクラッシュする場合があるという潜在的なエラーをなくしました。

ドッキング計算時のペプタイドボンドフレキシビリティの設定が可能になりました。

サイドチェーン柔軟性を用いた(induced fitを考慮した)ドッキングが可能になりました。

ドッキング前のレセプター最適化のための、Sidechain Minimizationダイアログが追加されました。詳細はマニュアルを参照してください。

（ニューラルネットを用いた）回帰モデルを構築やreranking/affinity スコアのカスタマイズを行うための回帰分析ツールが追加されました。詳細はマニュアルを参照してください。

それぞれのOS上でコンパイルされた純正な実行イメージが提供されました。(64-bit Linux版はUbuntu 6.10でテストしています)

ドッキングエンジンが以前の実行によってカバーされたサーチ空間部分を探索することを防ぐ新しいクラスタリングスキーム Tube Clustering を実装しました。

Apple Mighty Mouseもサポートされています。

オプションは、Import Moleculesダイアログから、あるいは、スクリプトを通じて利用できます(例： PREPARE detectCofactors=true|false)。

ワイヤーフレームのスタイルは、Visualization Settingsダイアログで、line widthオプションを利用できます。

これにより、dynamic update modeが用いられているとき、リファレンスポーズが可視化できます。

Toolメニューがメインメニューバーに加わりました。様々なMVD機能へのアクセスが容易になりました。

リガンドは、常にランダム化されます。(この機能は、テスト目的用です。もしバイアスが掛けられたドッキングを行いたい場合は、代わりにconstraints を利用してください).

ワークスペースエクスプローラのProteinsカテゴリにClone Protein が加わりました。

キャビティ検出及び分子サーフェス生成が、より高速になりました。

'Set Hybridization' 及び 'Set Bond Flexible' コンテキストメニュー使用時にクラッシュするバグをフィックスしました。

ポーズオルガナイザーでポーズをインポートする時カスタムチャージが失なわれていました（これはドッキングには影響ありません）。部分チャージをサポートするMol2フォーマットでポーズをセーブする（SDFフォーマットの代わりに）ことによりフィックスされました。

Workspace Finder が、ウインドウ最大化時に、検索結果のリストをスクリーンの内側に正しく配置されるようになりました。

Cavityオブジェクトが正しい境界ボックスを持つようになりました(これらがワークスペースにあるとき、zoom to fit が機能します。

分子サーフェスで用いられるプローブサイズに関する問題がフィックスしました（キャビティ予測及びサーフェスダイアログ）。

molecules表示のon/off切り替え時にラベルが表示されない問題が解決しました(Macのみ)。

PDBエクスポート時に誤ったリガンド名がアサインされるという問題をフィックスしました(例えば、BEN_1とBEN_2のどちらもBENにリネームされていました)。

いくつかのマイナーなバグもフィックスされています。